El Río Guadalajara, nace al oriente de la ciudad en la parte media de la Cordillera Central, en la confluencia de varias quebradas. De ellas las más importantes son: Los Indios, La Sonadora y los Alpes ubicadas a una altura de 2.850 m.s.n.m.

La cuenca geográfica tiene una extensión de 13.500 hectáreas y el recorrido del río es de aproximadamente 36Km.

FLORA: En las cuencas se presentan algunos relictus de bosques en buen estado de conservación, una pequeña porción de formaciones paramunas y múltiples parches de rastrojo alto, algunos en recuperación y dispersos por todo el territorio.

FAUNA: La perdida de bosques y la cacería indiscriminada son los principales tensores sobre el recurso fauna en la región.

En muestreos realizados se encontraron 27 especies de aves. Las más representativas son: La garza del ganado, tocarza nagüiblanca, torcaza común, periquito, etc

En cuanto a la calidad, se dice que es buena en las partes altas, pero a medida que el río desciende, se va contaminando con las aguas servidas provenientes de los asentamientos humanos, las fincas y las zonas erosionadas que aportan sedimentos.

POBLACION: En cuanto a los rasgos culturales de los habitantes de las cuencas, se identifica que aquellos de la zona plana son en su mayoría, de ascendencia Vallecaucana, con fuertes tradiciones ansestrales, proclives a la naturaleza y a su cuidado, desarrollando lo que puede denominarse una "cultura anfibia", es decir en relación permanente con el río, como fuente de trabajo y recreación.

Por el contrario, en la zona alta se detecta penetración significativa de colonizaciones, antioqueña, caucana, tolimense, santandereana y boyacense, lo cual se expresa en los sistemas de producción de economías campesina y cafetera y en el desarrollo de prácticas culturales de mayor impacto sobre los recursos del área. Se debe tener en cuenta que el río es una fuente de agua con un valor incalculable.